در ماده 146 لایحه پیشنهادی، گمرک مجاز شده است از تاریخ قطعی شدن مطالبات خود، به ازاي هر ماه تاخیر معادل نیم درصد مبلغ کسر دریافتی به عنوان جریمه دیر کرد وصول کند.
همچنین صاحب کالا باید به موجب تبصره 1 ماده 150 لایحه گمرک معادل نیم درصد و در تبصره يك ماده 152آن معادل یک درصد نیز به عنوان حق رسیدگی کمیسیون‌های رسیدگی به اختلافات گمرکی و تجدیدنظر به گمرک پرداخت کند. این موارد در قانون فعلی گمرک وجود ندارد و به دلایل زیر بی‌مورد است: اولا گمرک به استناد ماده 112 لایحه پیشنهادی بابت هر نوع مغایرت که متضمن زیان مالی دولت باشد، علاوه‌بر دریافت مابه‌التفاوت، جریمه‌ای معادل 10 درصد الی 100درصد و در برخی موارد بر اساس تبصره 1 همین ماده علاوه بر دریافت مابه‌التفاوت جریمه‌ای که حداقل آن 50 درصد و حداکثر آن 100درصد است وصول خواهد کرد، بنا بر این اخذ جریمه دیر‌کرد و جریمه حق رسیدگی در کمیسیون‌ها نوعی مجازات در مجازات بوده و جایگاهی ندارد. ثانیا در بسیاری از موارد اختلافی صاحب کالا مبلغ مورد مطالبه گمرک و جریمه تعیین شده را به صورت سپرده به گمرک پرداخت می‌کند تا کالایش را از گمرک خارج کرده و در جهت استیفاي حقوق خود بعدا اعتراض نموده و از طریق ارجاع پرونده به کمیسیون‌های رسیدگی به اختلافات گمرکی احقاق حق نماید. مراحل رسیدگی معمولا طولانی است و مبلغ سپرده چندین ماه یا سال نزد گمرک می‌ماند. آیا در صورت صدور رای نهایی به نفع صاحب کالا، گمرک مبلغی را به عنوان جریمه نگهداری غیرموجه مبلغ سپرده یا به عنوان سود سپرده وی پرداخت خواهد کرد. در لایحه جدید که با روحیه طلبکاری و قدرت نمایی به ارباب رجوع تدوین شده چنین پیش‌بینی نشده است!
جالب‌تر آنکه در ماده 162 این لایحه پیش‌بینی شده تا نرخ جریمه‌های موجود هر 3 سال یک بار بر اساس نرخ تورمی که بانک مرکزی تعیین می‌کند افزایش داده شود! در حالی که انتظار می‌رفت گمرک در این لایحه، تمهیداتی برای بازنگری در تعرفه‌های گمرکی که عمدتا غیر‌کارشناسی بوده و یکی از دلایل مهم فساد و قاچاق کالا به شمار می‌آید پیش‌بینی کند.
دید وارداتی
قانون امور گمرکی فعلی اساسا با دید وارداتی تدوین شده است و در خصوص کالاهای صادراتی به جز ماده 4 که در خصوص صادرات موقت کالاهای تعمیری مطلبی آورده است و قسمت پنجم آيین‌نامه که به طور مختصر و نارسا در مورد صادرات مواردی ذکر شده در بقیه موارد ساکت است. در پیش‌نویس قانون جدید این نقض و نارسايي بسیار مهم رفع نشده و به مقررات و رویه‌های صادراتی نیز به صورت جامع پرداخته نشده است. به ویژه در خصوص صادرات مجدد حتی اشاره‌ای هم نشده است که یکی از مهم‌ترین ضعف‌های قانون فعلی محسوب می‌شود.
فقدان پیش‌بینی‌های لازم برای انجام تشریفات گمرکی به صورت الکترونیکی
قانون امور گمرکی فعلی با توجه به سال تصویب آن (1350 هجری شمسی) فارغ از شیوه‌هايي است که قابلیت استفاده از ابزار جدید و انجام امور را به صورت الکترونیکی دارا باشد؛ گرچه در حدود 60 گمرک از مجموع 160 گمرکات کشور سیستم موسوم به آسیکودا پیاده شده است، اما از ماهیت این سیستم فاصله دارد و روش‌های قدیم با همان ویژگی‌ها، ولی با آمیزه‌ای ناقص از روش جدید تلفیق گردیده و معجونی جدید به وجود آمده که نتیجه و برآیند آن گرفتاری مردم و فساد رو به تزاید است.
در لایحه جدید در ماده8 از بخش سوم قسمت اول، صدور و پذیرش اسناد الکترونیکی و دریافت و پرداخت الکترونیکی مجاز اعلام گردیده و به‌ویژه گمرک موظف شده به منظور انجام تشریفات و کنترل‌های گمرکی و مبادله اطلاعات و ارتباطات از فناوری اطلاعات و ارتباطات و روش‌های تجارت الکترونیک در چارچوب مقررات جمهوری اسلامی ایران استفاده نماید. در ادامه همین ماده روش و زمان اجرای آن به آیین‌نامه اجرایی مستقلی که بعدا به تصویب وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی و فناوری اطلاعات و ارتباطات خواهد رسید، محول شده‌است.
انتظار می‌رفت تغییر در قانون جاری امور گمرکی با استقرار تمهیدات لازم جهت دگرگونی در سیستم‌های فرسوده فعلی و جایگزینی آن با سیستم‌های جدید و اظهار از راه دور و قطع ارتباط فیزیکی صاحبان کالا با گمرک به عمل آید. در حالی که لایحه جدید تنها به اصلاح چند مورد از قانون فعلی و انتقال موادی از آيین‌نامه اجرایی قانون فعلی به لایحه جدید بسنده کرده است. با این توصیف، اساسا نیازی به تقدیم لایحه احساس نمی‌شود؛ چرا که تحقق موارد فوق صرفا نیازمند اصلاح چند ماده از قانون فعلی است.